El FAP fue creado en el año 2002 para apoyar al Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP) del Ecuador en la protección, conservación y manejo sostenible de los recursos naturales y el medio ambiente.
Para el año 2019, 43 de las 56 Áreas del Patrimonio de Áreas Naturales del Estado (PANE) están dentro del FAP
El patrimonio actual del FAP es de USD$ 29.035.179,32
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